L’edificio fu ristrutturato nel 1613, subì poi diversi lavori di rifacimento, nel corso del XIX secolo, che interessarono anche la facciata. L’interno, a navata unica, conserva importanti opere d’arte: Il sudario portato dagli angeli del Guercino (brano d’affresco del 1612-13, poi trasportato su tela), L’Arcangelo Michele (1613 ca.) di Denijs Calvaert e San Francesco riceve le stigmate (1618-20) attribuita a Lorenzo Gennari, forse con interventi del Guercino.
Dall’inizio del 1700 si riunisce nella chiesa la Compagnia del Sacco, fondata con finalità benefiche dal padre cappuccino Giovanni da Sestola nel 1641.
A distanza di secoli, ancora oggi i confratelli della Compagnia del Sacco partecipano, nella Basilica di San Biagio, alla celebrazione delle Quarantore, abbigliati con il  radizionale saio bianco cinto di corda e con il volto nascosto dal cappuccio.

La chiesa è temporaneamente chiusa

In autobus

• Linee Bacino di Bologna 
  • 556 S.Giovanni in P. - Decima - Cento
  • 456 S.Pietro in Casale - Poggetto - Cento (in servizio solo nei giorni di scuola)
  • 455 S.Pietro in Casale - Cento
  • 453 S.Giorgio di Piano - Venezzano - Castel d'Argile - Cento
  • 97 Bologna - Argelato - C. d'Argile - Cento
  • Tutte le linee ATC extraurbane
• Linee Bacino di Ferrara
  • Linea 550: Ferrara - Mirabello - Cento
  • Linea 551: Cento - Crevalcore - Modena
  • Linea 552: Cento - San Giovanni in Persiceto - Modena

In auto

• A 1 MILANO-NAPOLI
  • ​Uscita Modena Nord
  • Proseguire per Nonantola, S. Agata Bolognese, San Giovanni in Persiceto, Cento
  • Uscita Bologna- Borgo Panigale
  • Proseguire per San Giovanni in Persiceto, San Matteo della Decima, Cento
• A 13 BOLOGNA-PADOVA
  • ​Uscita Ferrara Nord (km 33)
  • Direzione Modena: proseguire per Vigarano Mainarda, Sant'Agostino, Cento
  • Uscita Altedo (km 15)
  • Proseguire per S. Pietro in Casale, Pieve di Cento, Cento
• A 22 MODENA-BRENNERO
  • ​Uscita Reggiolo-Rolo
  • Proseguire per Concordia sul Secchia, Mirandola, Finale Emilia, Cento
• DA BOLOGNA (km 34)
  • ​Seguire le indicazioni: Castelmaggiore, Funo, Argelato, Castello d'Argile, Cento.
• DA FERRARA (km 30)
  • ​Prendere la direzione Mantova - Modena
  • Seguire le indicazioni Porotto, Vigarano Mainarda, S. Agostino, Cento.
• DA MODENA (km 35)
  • ​Prendere la direzione Ferrara. Seguire le indicazioni Nonantola, S. Giovanni in Persiceto, S. Matteo della Decima, Cento.

In treno
Stazioni di:

• Bologna (Km 34)
• Ferrara (Km 30)
• Modena (Km 35)
• San Pietro In Casale (Km 11)
• San Giorgio di Piano (Km 16)
• San Giovanni in Persiceto (Km 16) 

Per informazioni sugli orari: www.trenitalia.com

In aereo
Aeroporto "Guglielmo Marconi" di Bologna (Km 34) per informazione sugli orari: www.bologna-airport.it.
Dall'aeroporto "G.Marconi" Cento è raggiungibile con:

• Servizio taxi Cotabo
• Da Bologna: Marconi Express 
• Da Ferrara: Bus & Fly