Fu eretto nel 1502, in occasione del matrimonio fra Alfonso I d'Este e Lucrezia Borgia (figlia del papa Alessandro VI) e della conseguente annessione di Cento al ducato ferrarese, quale residenza dei commissari deputati al governo della città.
Fra il 1548 e 1550 l’architetto Francesco Giraldini realizzò, in eleganti forme classiche, la costruzione della Torre centrale, detta dell'Orologio.
Negli anni successivi (1589 e 1594) il palazzo fu restaurato e ampliato, con l’aggiunta della parete meridionale in cui vennero ubicate, a piano terra, le prigioni, il corpo di guardia, l’oratorio di San Leonardo e, al piano nobile, le stanze del console.
L’aspetto neo-medioevale dell’edificio risale al radicale restauro di Giuseppe Costa che, nel 1919, portò all’aggiunta dei merli di coronamento, |nonché alla sostituzione delle finestre originarie con le attuali monofore, bifore e trifore.
In angolo, sulla facciata del palazzo, è collocata una colonna marmorea per misurare i livelli di piena raggiunti dal fiume Reno, in particolare durante l’inondazione del 1812.

L’interno del palazzo ospita la Galleria d’Arte Moderna Aroldo Bonzagni, attualmente chiusa per lavori.

Il Palazzo è accessibile durante gli orari di lavoro dei vari servizi comunali e in occasione di eventi presso la Sala "Franco Zarri".
Entrata portone con campanello. Disponibile ascensore al primo e secondo piano.