La storia della Parrocchia del Penzale può essere considerata molto breve, ma anche tanto lunga. Penzale è infatti diventata parrocchia nel 1949, meno di sessanta anni fa, ed è quindi molto più giovane delle Parrocchie site entro le mura di Cento, San Pietro e San Biagio, che possono vantare centinaia di anni. La comunità cristiana stretta attorno a Penzale rivela invece una storia molto più lunga se si pensa alla chiesa in cui ancora oggi si svolgono le assemblee liturgiche.
La chiesa sorge a partire dal 1633 in una zona, da tempo detta del Penzale, una via de Pinçali compare negli Statuti di Cento del 1328; nell’estimo di Cento del 1393 si trova più volte utilizzato il toponimo, dove prima erano localizzati solo piccoli oratori, tra i quali il più noto e meglio conservato è la Crocetta. In una sorta di rudimentale “dichiarazione dei redditi” medievale, l’estimo, Giovanni di Giacomo di Guglielmo, di anni 50, dichiara di possedere “Ad Pinçale” mezza tornatura di bosco che non vale nulla; con lui molti altri dichiarano di possedere terreni a Pinçale; il toponimo è quindi già presente alla fine del 1300.
La chiesa, eretta a quanto pare sulla scia di una devozione particolarmente intensa ad una immagine di Maria, ancora oggi conservata in un altare laterale, diviene sede di un cappellano curato, un sacerdote cioè dipendente da un parroco – quello di San Biagio – risiedono fuori delle mura della città. Si forma così un nucleo comunitario attorno alla Chiesa.Oltre a raccogliere la devozione verso l’immagine mariana, la chiesa è ben presto intitolata anche a s. Isidoro, di Madrid, contadino sposato dell’XI secolo, canonizzato allora da poco (1622), circostanza che spiega bene verso quali fedeli fosse rivolta allora l’impegno pastorale del cappellano curato.