All’atto della registrazione ad ogni documento viene associato un numero che, unitamente alla data di registrazione, lo individua in maniera inequivocabile ed univoca nella serie annuale della documentazione dell'ente; per ogni documento sono poi annotati sul registro di protocollo il mittente o destinatario, l'oggetto e l'ufficio competente a trattare quel particolare argomento. La documentazione pervenuta, ad intervenuta protocollazione, viene smistata agli uffici comunali competenti, che si prendono carico della relativa trattazione e della conclusione della pratica.
Il registro di protocollo costituisce atto pubblico, destinato a fare fede del ricevimento o della spedizione di un documento da parte dell'Amministrazione Comunale.